Foi na década de 60 que se ouviu falar de andebol no Amora FC pela primeira vez. Nessa altura praticava-se o andebol de onze.
Passada uma década, mais propriamente na época 1973/74, o Amora filiou-se na Associação de Andebol de Setúbal (Andebol 7) com duas equipas de seniores e alguns anos mais tarde, na época 76/77, subiu à 3ª Divisão Nacional, onde competiu até 1977/78.
Depois de um interregno de 22 anos, no ano 2000 a secção voltou novamente a funcionar, desta feita com uma equipa de seniores, uma de juvenis e uma de iniciados.
Na época 2002/03 a equipa de seniores subiu à 3ª Divisão Nacional e em 2004 encerrou a sua atividade.