Tudo começou na década de 60, sendo mentores do futebol feminino no Amora FC o Sr.Magnaldo Malta, a sua esposa D.Maria da Piedade e a D.Justiniana Landeiroto. Mais tarde, nos anos 70, outros amorenses juntaram-se ao projeto, como o Sr. José Carlos Cunha, a D. Odete Teixeira e a D. Odete Santos.
A modalidade manteve-se ativa até 1985 e os primeiros passos foram dados sem competição. No início, a realização de jogos surgia através de intercâmbio entre clubes, de alguns torneios e até jogos de solidariedade. Mais tarde, na época de 1976/77, realiza-se o primeiro Torneio de Seniores Femininos da Associação Futebol Setúbal, que era dividido em séries e realizado a duas voltas.
Em 1985, o futebol feminino do Amora FC suspendeu a atividade, com pena de todos aqueles que iniciaram o projeto.
Vencedora da 1 Taça AF Setúbal Época 2018-19
Em 2016, na presidência de Carlos Henriques, foi retomada a modalidade, com uma equipa de seniores e outra de formação. Na época 2018/19, o plantel sénior foi vencedor da 1ª Taça da AF Setúbal e na época 2019/20 venceu o apuramento e subiu à Liga BPI (escalão máximo do futebol feminino em Portugal).
Neste momento, em ano de Centenário, o Amora FC conta com 2 equipas de seniores, 1 equipa de juniores, 1 equipa de juvenis e ainda equipas de formação.