Esta secção teve início em 1995 com a participação num torneio de abertura de época, a convite da Federação Portuguesa de Futebol de Salão. Em 1996/97, competiu a nível nacional, na 3ª divisão nacional, conseguindo a subida de divisão. Entretanto o Futebol de Salão teve algumas alterações a nível nacional e da fusão com o Futebol de 5 nasceu uma nova modalidade de pavilhão, que se passou a designar por Futsal, passando a estar sob a tutela da FPF. O Amora Futebol Clube, por divergências com a FPF, optou por não competir.
No início de 1999/2000, o Amora reativou a modalidade, com Futsal de formação e uma equipa de Seniores, que subiu à 3ª divisão nacional após um ano na distrital de Setúbal. Na época seguinte, a formação começou a dar frutos com a sua equipa de iniciados a sagrar-se Campeã Distrital da AF Setúbal. No ano seguinte, a mesma equipa, já no escalão de Juvenis, sagra-se novamente Campeã Distrital, disputando a fase final do nacional. Nessa mesma época iniciou-se o Futsal feminino que competiu no Campeonato Distrital, tendo terminado no 3ºlugar. Em 2001/02, os Seniores Masculinos sobem à 1ª Divisão Nacional e o Presidente José Mendes estabeleceu uma parceria com o Correio da Manhã que disputava a 1ªDivisão nacional de Futsal, levando a equipa inicial a deixar de competir. A parceria resultou numa equipa que se designou por CM/Amora FC, que terminou ao fim de duas épocas. Mas a modalidade não acabou. As equipas de Seniores e de formação voltaram à distrital de Setúbal, tendo o plantel sénior subido à 3ªdivisão nacional. Na época seguinte a modalidade foi extinta
Em 2014, o Futsal voltou ao Amora com uma equipa sénior e duas equipas de formação que competiram ao nível concelhio. As duas equipas de formação foram Vice-Campeãs concelhias nesse ano e, na época seguinte, a equipa de seniores subiu à 1ª Divisão do Campeonato concelhio. Neste momento, a modalidade não está em atividade.
Futsal CM/Amora
